Prototype — это динамичный экшен в открытом мире, где игрок получает в распоряжение невероятные способности и полную свободу действий. Главный герой, Алекс Мерсер, приходит в себя в центре заражённого Нью-Йорка без воспоминаний о прошлом, но с уникальными мутациями, позволяющими менять форму тела, поглощать людей и использовать разрушительные атаки. По мере развития сюжета он пытается разобраться в причинах катастрофы и собственной роли в происходящем.
Геймплей делает упор на скорость, хаос и вариативность. Игрок может бегать по стенам небоскрёбов, парить в воздухе и вступать в масштабные сражения с военными и мутантами. Система прокачки открывает новые способности, усиливая боевой потенциал героя. Мрачная атмосфера заражённого города и свобода выбора подхода к миссиям делают Prototype ярким представителем жанра и запоминающимся экшеном.